以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用所得稅法第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。又營利事業經稽徵機關查獲短漏所得稅稅額不超過新臺幣10萬元，或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過5%，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為短漏報情節輕微，免按會計帳冊簿據不完備認定，仍得適用所得稅法第39條有關前10年虧損扣除之規定。
該分局舉例說明，甲公司104年度營利事業所得稅結算申報，列報前10年核定虧損本年度扣除額600餘萬元，經該局查獲短漏報收入1,000萬元，其短漏報稅額170萬元超過新臺幣10萬元，且短漏報課稅所得額占全年所得額之比例15%，逾前揭標準5%之規定，不適用所得稅法第39條盈虧互抵規定，爰核定前10年虧損扣除額為0元。
該分局強調，營利事業辦理所得稅結算申報，應誠實列報相關收入及成本費用，以免遭補稅處罰，致影響前10年核定虧損扣除額之適用。