有民眾反映，已在戶政機關辦理遷移戶籍時，一併申請按自用住宅用地稅率核課的申請，為什麼房屋稅仍按非自住用稅率核課?新竹市稅務局表示，因房屋之自住認定與地價稅不同，非以戶籍遷入為要件，故戶籍遷移時自用住宅申請是指地價稅的自用住宅用地稅率之適用，而非房屋稅的自住房屋。
稅務局進一步說明，個人所有的住家用房屋如同時符合無出租使用，並供本人、配偶或直系親屬實際居住使用，且本人、配偶及未成年子女全國合計3戶以內等3要件，即可提出按自住住家用稅率核課房屋稅，因此，納稅義務人供自住使用房屋，係以供本人、配偶或直系親屬實際居住使用為要件，而非以辦竣戶籍登記為要件，且納稅義務人與其配偶及未成年子女共持有4戶以上房屋，要以何處為自住房屋，需協議後提出申請。
此外，因房屋稅係按實際使用情形按月核課，當房屋使用情形變更時，應於使用情形變更之日起三十日內，向稅務局提出申請改按變更後的使用情形核課。