本局表示，房屋、土地交易所得稅(即俗稱之房地合一稅)自105年1月施行以來，本局已接獲不少民眾電話詢問，是不是取得「農業用地作農業使用證明書」之農地，在出售時就一律免予課徵房地合一稅？為解決民眾疑議，本局提出了進一步的說明。
      本局指出，依所得稅法第4條之5第1項第2款規定，符合農業發展條例第37條及第38條之1規定「得申請」不課徵土地增值稅之土地，免納房地合一稅。故原則上，納稅義務人除應取具「農業用地作農業使用證明書」外，尚須符合經地方稅稽徵機關核發「土地增值稅不課徵證明書」者，才有符合所得稅法免納房地合一稅的規定。但是實務上，有些農地移轉可能因為係在同一課稅年度內就轉手，所以沒有土地之增值，土地增值稅為0元、或係因納稅義務人已取得「農業用地作農業使用證明書」或「符合農發條例第38條之1土地作農業使用證明書」而自認農地免稅，以致於並未向地方稅稽徵機關提出「不課徵土地增值稅」之申請。若遇到這些情況時，能不能符合不課徵房地合一稅，依法仍須請地方稅稽徵機關針對要出售的農地有無符合申請不課徵土地增值稅的要件來作一個認定。
      本局特別強調，土地增值稅繳款書上金額為0元(免稅)不代表該農地就是屬於經地方稅稽徵機關核發「土地增值稅不課徵證明書」之情形，民眾千萬不要以為只要拿到農用證明，土地增值稅又免稅，就誤認一定不用課徵房地合一稅。本局也呼籲民眾，為確保自身權益，在農地買賣移轉前，最好還是先向地方稅稽徵機關申請不課徵土地增值稅，以釐清適用情形，避免事後遭到補稅甚至處罰！